Die evangelische Pfarrgemeinde Stoob existiert seit der Reformationszeit. Nach der Gegenreformation wurde sie aufgrund des Toleranzpatentes 1781 unter Kaiser Joseph II. im Jahre 1783 neu gegründet, das erste evangelische Bethaus wurde 1786 errichtet.
Erst später wurde ein hölzerner Glockenturm errichtet. 1948 wurde an Stelle des Holzglockenstuhls der Turm in seiner heutigen Form dazu gebaut. Dieser Turm steht heute als Campanile, weil das Toleranzbethaus 1961 abgetragen und die neue Kirche, 1962 eingeweiht, ein wenig versetzt errichtet wurde.
Die ehemalige evangelische Schule – als „alte Evangelische Schule“ bezeichnet – ist heute das Gemeindezentrum. Das Gebäude wurde 1904 auf der gegenüberliegenden Straßenseite errichtet.
Zur evangelischen Muttergemeinde Stoob gehört die evangelische Tochtergemeinde Oberloisdorf.
